Il Servizio Controlli interni svolge attività relative al controllo di gestione e ai finanziamenti straordinari. Circa il primo punto, esso si occupa delle seguenti attività: controllo strategico, controllo sulla qualità dei servizi erogati, coordinamento attività di controllo di gestione, programmazione strategica (Documento Unico di Programmazione) e PEG (Piano Esecutivo di Gestione). Circa i Finanziamenti straordinari sono svolte le seguenti attività: segnalazione bandi di finanziamento, supporto alla presentazione domanda di contributo, monitoraggio e rendicontazione progetti finanziati.